Aux XVIe et XVIIe siècles, les voïvodes valaques et moldaves en butte aux révoltes de boyards ne furent plus que des marionnettes aux mains du Sultan. Mais à la différence du reste des Balkans, le territoire roumain ne fut jamais occupé et transformé en pachalik.
Le premier sursaut de fierté eut lieu en 1600 : le premier Etat roumain unifié fut réalisé lorsque le roi Michel le Brave (Mihai Viteazul) qui unit les trois principats créant le royaume de Roumanie. Il se couronna roi à Alba Iula mais son oeuvre ne dura qu'un an : il tomba sous les coups des assassins armés par le général autrichien Basta en août 1601. Sur le sceau de ce prince préfiguraient l'aigle valaque, les deux lions de Transylvanie et le taureau moldave. A la fin du XVIIe siècle, le voïvode valaque Constantin Brâncoveanu marqua son temps. Il s'entoura de nombreux hommes de lettres, clercs de valeur et artistes roumains et étrangers qui assuraient la diffusion dans le pays des idées européennes les plus avancées. Dans ses relations avec les Habsbourg, les Ottomans et les Russes, il fit preuve de la même habileté afin de protéger l'autonomie dont jouissait le voïvodat.
La Moldavie quant à elle est marquée par le régne de Dimitrie Cantemir (1710-11), prince moderne qui essaya d'instituer une monarchie autoritaire et de s'émanciper de la tutelle ottomane en s'alliant au Tsar Pierre le Grand dont il partagea la défaite en 1711.
S'ouvrit alors la période dite Phanariote (1711/15-1821) : le Sultan plaça à la tête des deux principautés un prince d'origine grecque (Phanar est un quartier de Constantinople où résidait le Patriarche entouré de riches Grecs) qu'il nommait et révoquait à sa guise afin de contrôler fiscalement les pays roumains et empêcher toute transaction avec les Habsbourg et le Tsar. En même temps, le pouvoir des boyards diminua considérablement. Ce fut une époque de stagnation culturelle et économique sourtout marquée par l'inclusion des voïvodats dans la zone d'expansion des nouvelles grandes puissances : l'Autriche et la Russie. Les réformes menées masquaient un "despotisme eclairé" destiné à améliorer le mécanisme de l'exploitation fiscale au bénéfice de l'Empire Ottoman.
Depuis sa formation et jusqu'à la moitié du XVI° siècle, la Transylvanie fut un voïvodat soumis à la suzeraineté hongroise. La noblesse hongroise, saxonne et sicule forma dés 1437, l'Union des trois nations (Unio trium nationum), une alliance qui s'est maintenue jusqu'au XVIII° siècle au détriment des serfs roumains. Ces derniers, majoritaires et orthodoxes, ne détenaient aucun pouvoir politique et ne bénéficiaient d'aucune reconnaisssance sur le plan religieux. Face à l'exploitation féodale, ils ne cessérent de se révolter contre la noblesse hongroise. En 1526, la défaite de l'armée hongroise face aux Turcs à la bataille de Mohacs entraîna la chute du royaume magyare. La Transylvanie devint alors principauté autonome, vassale de la Sublime Porte. A sa tête, un prince était élu par la Diéte et confirmé par le Sultan. Cette situation dura jusqu'à la fin du XVII° siècle et rapprocha davantage le pays des deux autres voïvodats. En 1686, les Habsbourg, sortis vainqueurs du siége de Vienne tenue par les Turcs, obligérent le prince à accepter leur protection en échange d'un tribut. Cinq ans plus tard, par le Diplôme Léopoldin, la Transylvanie voyait son autonomie diminuer : la cour de Vienne assumait effectivement la direction du pays, l'administration étant assuré par un gouverneur. Enfin, par le traité de Carlowitz (février 1699), les Ottomans reconnaissaient la domination des Habsbourg en Transylvanie qui est alors annexée à l'Autriche-Hongrie jusqu'en 1918.
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